ということが起きた。ちなみにカラースキームはbadwolfというのを使っています。
Vim起動してから:source ~/.vimrcするとカラースキームが反映されるのだが、毎回起動時にコマンド打つのはだるい...。いろいろ調べているとtmuxを起動した後の環境変数$TERMがscreenになっていた。そこでtmux.confにて以下のように変更すると反映されるようになった。
set-option -g default-terminal screen-256color
最初はvimrcの設定がおかしいのでは？と疑っていたけど、全然おかしな部分がなかった。tmuxが影響していると気付くまではハマっていたけど、気付いてからは早かった。
